2009年，深圳对政府机构和职能进行大幅度“退、转、减、合”，在转变政府职能、实行大部门体制及优化行政运行机制方面取得重大突破，这是在全国大城市中力度最大的一次机构改革。此次改革在中央编办直接指导下，按照“市场、服务、效率”三大取向，进行机构改革，突出表现在：职能转变力度大，大力减少行政审批事项、减少对微观事务的干预；机构精简幅度最大，在更多领域推行大部门体制；实行委、局、办归口联系机制提高决策执行的高效性，加强决策与执行之间的制约和协调。