1999年8月，深圳市政府投资4.5亿建成深圳市中心医院。2001年9月，深圳市政府与北京大学签署协议，医院更名“北京大学深圳医院”和“北京大学深圳临床医学院”，纳人北京大学医院管理体系。北京大学深圳医院是北京大学首家异地合作办医的机构，也是中国院一校紧密型合作办医，实现优势互补、双赢发展的有益探索。医院实行管办分离，以医、教、研为主体，以发展健康产业和推行支持保障系统服务社会化为两翼，推行“一体两翼”的经营模式。