深圳市境内植物生长茂盛，自然植被成分和群落特征表现出热带与亚热带之间的过渡性，所发育的地带性植被代表类型为热带季雨林和亚热带常绿林。自然植被中共有植物1500 余种，其中珍稀名木有数十种，国家保护的濒危植物有格木、水松、粘木、青钩栲、华南栲、土沉香、桫椤、穗花杉、苏铁蕨等。特殊植物有红树、半红树。人工植被包括生态林、经济林及经济作物。经济林以果树为主，其中龙眼、荔枝、金龟橘、芒果、方柿、黄皮等为主要特产。经济作物以蔬菜、花卉为主。深圳建市后，针对在城市建设中自然林地被不断占用和毁坏的趋势，采取封山育林进行自然生态环境保护等措施，促使植被逐渐恢复和发展。2005 年在全国率先划定基本生态控制线，使森林覆盖率稳定在40% 以上。市境内地势复杂、林木繁茂、终年常绿、植被覆盖率大，海域广阔、海岸带类型多样，利于野生动物栖息、繁衍。已发现有陆生哺乳动物37 种，两栖动物18 种，爬行类动物38 种，鸟类350 余种，海生软体动物325 种，节肢动物244 种，甲壳动物75 种，环节动物58 种，棘皮动物56 种，鱼类177 种。其中，陆生虎纹蛙、蟒蛇、猕猴、大灵猫、小灵猫、云豹、巨蜥、穿山甲、三线闭壳龟、白肩雕、白鹳、鹭、鸢、凤头鹰、褐翅鸦鹃、鹗、赤腹鹰、黑脸琵鹭等为国家保护珍稀动物。市境内划定国家级福田红树林鸟类自然保护区和内伶仃岛猕猴自然保护区以及梧桐山国家森林公园。