深圳境域历史源远流长，早在新石器时代中晚期就有先民在此繁衍生息。秦始皇三十三年（公元前214年），秦统一岭南，设南海郡、桂林郡、象郡，深圳地区隶属于南海郡。东晋咸和六年（公元331年），析南海郡设东官郡，置宝安等六县，郡治、县治均在今深圳南山南头一带，此为深圳地区建县之始。隋代宝安县改属广州。唐代在宝安县设屯门镇，负责沿海防卫。唐至德二载（公元757年），宝安县更名为东莞县。明洪武二十七年（公元1394年），设东莞、大鹏两个守御千户所，所城即今南头古城、大鹏所城。明万历元年（公元1573年），从东莞县分设新安县，县治设南头。近代鸦片战争后，英国殖民者通过1842年《南京条约》、1860年《北京条约》、1898年《展拓香港界址专条》逐步占据原属新安县的香港岛、九龙和新界地区。1914年新安县复名宝安县。

1949年10月，宝安县人民政府成立。1953年县治迁至深圳镇。1979年1月23日，中共广东省委决定将宝安县改为深圳市；同年3月5日，国务院批复同意，深圳市成立。1979年11月，深圳市由原省、地双重领导改为地区一级的省辖市。1980年8月26日，深圳经济特区正式建立，包括深圳镇、沙头角镇和福田、附城、盐田、南头、蛇口公社。1988年10月，深圳市成为计划单列市。1994年2月，升格为副省级市。2010年7月，深圳经济特区范围扩大至深圳全境。2017年9月，成立于2011年2月的深汕特别合作区由深圳、汕尾两市共管改为由深圳市全面主导建设。2019年2月，中共中央、国务院印发《粤港澳大湾区发展规划纲要》，粤港澳大湾区包括香港、澳门2个特别行政区和广东省珠三角9个城市，其中深圳与香港澳门、广州四大中心城市被确立为区域发展核心引擎。2019年8月，中共中央国务院印发《关于支持深圳建设中国特色社会主义先行示范区的意见》，深圳被赋予建设社会主义先行示范区的新使命。2020年10月，中共中央办公厅、国务院办公厅印发《深圳建设中国特色社会主义先行示范区综合改革试点实施方案（2020—2025年）》，赋予深圳在重点领域和关键环节改革上更多自主权，支持深圳在更高起点、更高层次、更高目标上推进改革开放。至2022年，深圳市下辖有福田、罗湖、盐田、南山、宝安、龙岗、龙华、坪山和光明9个行政区和大鹏新区1个新区，并主导建设管理深汕特别合作区。