书中辑录了中国第一历史档案馆所藏明清两朝台湾问题档案总计 16343 件，其中明代档案主要选自兵部题行稿，共 25 件；其余选自军机处上谕档、军机处“台湾档”、军机处录副奏折等清代档案。这些档案记载了明清中央政府管辖和治理台湾的真实情况，全面反映了台湾 300 多年来的历史变迁和所发生的一系列重大历史事件，具有重要的学术价值和社会价值。（※台湾文献史料出版工程）